Eine erste Erwähnung finden die Fossilien 1546 in dem Werk "De natura fossilium" von Georgius Agricola.

Die Erkenntnis das es sich um Meeresablagerungen handeln muss wurde 1730 erstmals von J.J. Baier publik gemacht, der die Eichstätter Spinnensteine als Seesterne deutete.

Als die Paläontologie als Wissenschaft entstand haben sich viele Wissenschaftler mit den Fossilien des Solnhofener Plattenkalkes auseinandergesetzt. Allerdings haben die meisten sich nur mit den Fossilien, nicht aber mit der Rekonstruktion des damaligen Lebensraumes, beschäftig.

Dies änderte sich natürlich als die Paläontologen anfingen sich nicht nur für die Fossilien, sondern auch für den damit zusammenhängenden Lebensraum zu interessieren, und so wurde versucht diesen zu rekonstruieren. Wenn man sich die Landschaft in der das Plattenkalkvorkommen liegt ansieht wird klar das es sich um Lagunen gehandelt haben muss, denn man findet an den Rändern des Vorkommens Riffstotzen. Daher ist klar, dass der Lebensraum der Solnhofener Lagunen vom offenen Meer, der Tethys, mehr oder weniger abgetrennt gewesen sein muss. Eben dieses „mehr oder weniger“ führte dazu, das einige Wissenschaftler angenommen haben dass diese Wannen zeitweise trocken fielen, oder dass es sich um ein von Ebbe und Flut zeitweilig überschwemmtes Gebiet gehandelt haben muss. Andere wiederum waren davon überzeugt dass die Lagunen stetig von Wasser bedeckt waren.

Betrachten wir die Argumentationen von Prof. Dr. Oskar Kuhn, welcher überzeugt war das die Lagunen zeitweilig trocken fielen. Er brachte ins Feld, das die meisten Fossilien auf der Unterseite der Platten (hangende Schicht) liegen. Dies erklärte er damit, das der Organismus ,eingebracht durch eine Überschwemmung, sich nicht auf der trockenen vorhandenen Oberfläche ablagerte, sondern sich in den frischen, nassen Schlamm der sich über dem Organismus ablagert einbettet. Allerdings kann er das Fehlen von Trockenrissen, welche zweifelsohne beim Trocknen des Schlammes hätten entstehen müssen, nicht erklären. Interessanterweise deutete er Aufsetzmarken von Landlebewesen als Todeskampfspuren, wohingegen Rollmarken vom Ammoniten während der Flut entstanden sein sollen.

K. Werner Barthel hingegen argumentierte das die Solnhofener Launen ständig von Wasser bedeckt gewesen sein mussten. Hauptargument war zum einen das völlige Fehlen von Laufspuren landbewohnender Lebewesen, die bei einem Trockenfallen zu erwarten währen, und zum anderen die Tatsache das Fossilien dieser Lebewesen nur äußerst selten finden lassen. Das Argument das die Fossilien meist auf der hangenden Schicht kleben konnte er entkräften indem er zeigte das sich auf im Wasser befindliche Schichten Oberflächenhäutchen aus Tonmineralien bilden, welche tote Organismen nicht kräftig an sich bindet. So konnte die sich über dem Organismus bildende Schicht das jetzige Fossil einbetten.

Barthel ging davon aus das die Solnhofener Lagune ein komplett lebensfeindlicher Raum war, nur an den begrenzenden Riffen herrschten lebensfreundlichere Vorraussetzungen.

Heute hat sich das Bild wie es von Barthel gezeichnet wurde nur insofern verändert, das wir davon ausgehen das die oberen sauerstoffreichen Wasserschichten der Solnhofener Lagune durchaus lebensfreundlich waren. Nur die unteren Wasserschichten waren lebensfeindlich, da in diesen Wasserschichten der Sauerstoff fehlte und der Salzgehalt stark erhöht war.

Die Schwammstotzen, die man überall an den Hängen im Altmühltal sieht, waren im Jura die Begrenzungen der Solnhofener Wannen, die diese voneinander trennten. Das Festland, bezeichnet als die Mitteldeutsche Insel da man die Ausdehnung nicht genau kennt, lag nach Rekonstruktionen weiter im Nord-Westen wohingegen die offene See, die Thetys, südlich im heutigen Alpenraum lag. Die Gegend um Solnhofen war ein Flachwassergebiet welches von Schwammriffen gesäumt war. Das Klima war subtropisch wovon die überlieferte Tier und Pflanzenwelt zeugen.

Durch dieses Monsumklima war eine hohe Verdunstungsrate gegeben, welche eine Übersalzung (Hypersalinität) und damit eine Schichtung des Wassers in den Wannen zur Folge hatte. Die Bodenzone war lebensfeindlich was sich durch fehlende Spuren von bodenlebenden Tieren zeigt, während in den überlagernden sauerstoffreicheren Wasserschichten in den Riffen und Wannen Leben möglich war.

Durch Stürme die in Abständen über den Lagunen fegten wurde das Sediment in die Wannen gedrückt (Wobei man immer noch nicht genau sagen kann woher dieses Sediment gekommen ist, Keupp z. B. geht davon aus das das Sediment zumindest teilweise vor Ort von Blaugrünalgen gebildet wurde.) und gleichzeitig die Wassermassen umgewälzt. Diese Umwälzung hatte zur Folge das Lebewesen in die Lagunen eingeschwemmt wurden bzw. fliegende Tiere in das Wasser stürzten und ertranken. Durch die Übersalzung und Sauerstoffarmut starben eingeschwemmte Tiere ebenso. Die Leichen sanken (z.T. nach einer gewissen Driftzeit) ab. Wenn diese durch sich erneut ablagerndes Sediment eingebettet wurden ist die heutige Erhaltung besonders gut. Länger driftende Leichen liegen in verschiedenen Erhaltungszuständen vor, manchmal mit Fraßspuren oder teilweise verwest und aufgelöst.

Die einzigen Tiere die diesem lebensfeindlichen Klima auf den Wannenböden zumindest eine kurze Zeit trotzen konnten waren die Pfeilschwanzkrebse (Mesolimulus walchi) und die Langarmkrebse (Mecochirus sp.), welche umgangssprachlich auch Schnorrgackel genannt werden. Von diesen sind manchmal Spuren zu finden die nicht selten zu dem Fossil des Tieres führen.

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